2016年9月14日，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《关于省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革试点工作的指导意见》,部署启动环保垂改工作后，广西立即行动，自治区生态环境厅和自治区党委编办认真抓好贯彻落实，成立垂改工作领导小组积极推动垂改各项工作。目前，全区14个设区市均完成垂直管理改革方案制定。按照环保垂直管理改革要求，县级各类生态环境机构，包括生态环境局、生态环境执法大队及生态环境监测站等县级生态环境机关及其下属单位，都要上收至市一级，目前有关工作正在推进中。
在构建新型生态环境监察体系方面，广西探索建立生态环境监察专员制度，加强机构建设。设立4个跨区域生态环境监察专员办公室作为自治区生态环境厅派出机构，驻市开展生态环境监察和生态环境保护督察工作。围绕2020年广西生态环境保护工作目标，今年4个跨区域生态环境监察专员机构主要任务有三项：一是监督地方党委政府生态环境保护职责履行情况。二是监督地方政府生态环境政策执行情况。三是助推辖区打好打赢污染防治攻坚战。围绕辖区各市污染防治攻坚战目标，监督大气、水、土壤污染治理任务完成情况及环境质量达标情况，帮助地方查找原因，督促整改，推动完成污染防治攻坚战目标任务。
2018年12月22日，广西壮族自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅印发《广西壮族自治区生态环境机构监测监察执法垂直管理制度改革实施方案》，全面落实各项环保垂改任务。针对广西江河众多情况，《实施方案》提出加强跨流域环境管理。从强化统筹入手，在改革中牢固树立统筹思想和理念，集成运用改革政策。
在环保垂改构建新型生态环境监察体系任务中，在跨区域生态环境监察专员办公室上加挂流域生态环境监督管理办公室牌子，融合工作职能，统筹人员编制安排。其中，南宁生态环境监察专员办公室加挂左右江流域生态环境监督管理办公室牌子，柳州生态环境监察专员办公室加挂红水河、漓江流域生态环境监督管理办公室牌子，梧州生态环境监察专员办公室加挂西江流域生态环境监督管理办公室牌子，北海生态环境监察专员办公室加挂入海河流生态环境监督管理办公室牌子，作为自治区生态环境厅派出机构管理，提升了改革整体效能。
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